冷链物流基础设施相对落后是我国冷链利用率偏低的主要原因之一，主要表现在以下两个方面。
 
　　冷藏运输上，目前我国在冷链中用于运输的专门车辆很大部分来自于海运报废或即将淘汰的海运冷藏集装箱，专业化的冷冻冷藏车数量严重不足。车辆的制冷技术和工艺比较落后，缺乏规范式的保鲜冷链运输车厢和温度控制设施，无法为易腐食品的流通提供质量保障。冷藏运输率，即易腐货物采用冷藏运输所占的比例只有10%～20%，而欧、美、日等发达国家均达到80%～90%。但我国每年的冷藏物流损失超过750亿元，运输过程中的高损耗使得整个物流费用占到运输产品成本的70%，而国际标准上这一指标最高不超过50%。
 
　　冷库建设上，我国目前冷库总容量700多万立方米，相比市场需求而言缺口仍然较大，而且各类冷库的结构并不合理，大型冷库项目较多，批发零售冷库建设相对较少;肉类冷库建设较多，果蔬冷库建设还比较落后;城市销售市场冷库发展较快，产地加工冷库建设比较缓慢。
 
　　尚未形成完整体系
 
　　无论是从我国经济发展的消费内需来看，还是与发达国家相比，我国冷链都尚未形成完整的体系。欧美日本等发达国家农产品进入冷链系统流通的在90%以上，而我国目前进入冷链系统的蔬菜类比重只占到全部蔬菜的5%，肉类只占到15%，水产品也只有23%。即使是使用冷链运输的产品，在从产地到流入集贸市场拆散零卖的过程中冷链也存在中断的现象，并不完整。
 
　　因此，在我国农产品冷链物流体系建设中，要特别强调“链”的完整性。发展农产品冷链不等于盲目建冷库，而是要从农产品运输的全过程入手，加强市场对整个链条的控制，这需要通过冷链中的各个环节之间相互协调、建立完善信息追溯机制和大力发展第三方监控等措施来保证。
 
　　第三方物流拖后腿
 
　　目前，我国的第三方物流还主要是以提供货物代理、库存管理、搬运和定向运输等业务为主，很少有物流企业能够能提供全面、综合、集成的冷链物流服务。正是由于第三方冷链物流的发展滞后，物流服务覆盖的网络有限，以及物流信息系统建设缓慢，冷链物流的质量、准确性和及时性都难以保证，一方面产生较高的冷链物流成本，另一方面又无法避免较高的商品损耗率。因此，多数生产厂家要么止步于第三方冷链物流的高成本，要么担心冷藏物流业务外包后的安全问题，只能是自行经营，或是部分或区域性的外包。其中企业自营冷链物流占到了物流总量的80%，只有20%的物流通过第三方来实现。这反过来又在一定程度上阻碍了第三方冷链物流的发展。
 
　　如三全、思念等大型食品企业，大多依靠自己的冷链物流来完成服务，其拥有自营物流公司并配有多辆冷藏食品车辆。虽然这些车辆的日常维护保养费用十分巨大，而且有一定程度的运力浪费，但大多数第三方物流企业很难达到肉类食品物流配送对时间、储存条件等方面的要求。
 
　　冷链物流标准缺失
 
　　一个行业能够稳步发展需要相关的国家标准作为保证，以此对已进入市场和即将进入市场的企业进行规范化、标准化管理。
 
　　到目前为止，我国在冷链物流上尚无一个统一的可供参考与执行并具有广泛约束力的标准，例如在冷链能损与效率、作业操作规范、食品卫生安全、温度控制、管理要求、设备标准、运营流程等都方面都没有明确和统一的规定，从而制约了我国冷链物流业的健康发展。
 
　　技术和管理水平不高
 
　　标准的缺失也在一定程度上制约了我国冷链物流技术和管理水平的提高。
 
　　目前，我国农产品流通中有效的温度控制设施仍然缺乏，控制技术有待提高，操作相应设施的专业人员严重缺乏，信息流通不畅，冷链全过程的运行管理制度亟待建立。在这种情况下，各个环节信息阻塞，冷冻类产品在运输途中易发生无谓耽搁，风险增多，而应急能力较弱，因此严重制约了我国物流业的发展。
 
　　农业发展水平落后
 
　　我国农业仍然以散户种植为主，机械化和标准化程度较低，产业集中度不高。这对冷链的建设提出了严峻的挑战。农产品种植机械化和标准化程度低，导致农产品种植成本较高，产品附加值低，而产地分散，使得冷链的效益难以体现出来，在什么地方、什么环节建冷库也相对难以论证。